Alterpartiet og korets indretning.
Den store barok-alterskranke følger korets dimensioner og fremhæver rummets bredde. Udformningen viser, at det er lavet i 1700-tallet.
Det har været almindeligt antaget, at koret indtil da kun har fungeret som gravkapel. I så fald har alteret og altertavlen stået i skibets østligste fag sammen med prædikestol og døbefont. Det forekommer usandsynligt – om ikke andet, så af pladshensyn. Desuden omtaler Jacob Madsen rummet som kor, og han nævner altertavlen i koret.
Koret må således have fungeret som et kombineret kor og gravkapel. Den udbygning, som Jacob Madsen nævner, har næppe eksisteret, men man må antage, at Axel Urne og hans hustru(er) har været begravet bag alteret og at senere medlemmer af familien og andre ejere af Søbysøgård er blevet stedt til hvile i trækister på de andre pladser I koret. Endnu i 1774 står der trækister i koret: »I Choret staaer Marschalk Friderick von Holsteins og HofJunker Vulf Sigfred Rosenkrantzes Liig. I Choret er et stor Begravelse« (Den Danske Atlas, tomus VI, 1774). På et tidspunkt derefter er kisterne blevet flyttet ned i krypten (kælderen) og korrummet er blevet Indrettet til at tjene udelukkende som kor. Hvordan har det kombinerede kor og gravkapel været indrettet? En bemærkning hos Jacob Madsen løser måske problemet: han omtaler nogle nye paneler med fyrretræssæder hele vejen rundt. Der kan være tale om fritstående paneler med påmonterede sæder, som kan have lignet de »korstole«, man kender fra katolsk tid og som er bevaret I mange dom- og klosterkirker. Disse paneler giver mulighed for følgende rekonstruktion: alteret har stået midt i koret og panelerne har gået nord-syd langs med alteret. Panelerne kan have dannet en vinkel på 90 grader ud for kordøren og sluttet til ved denne. Panelerne har således dannet en ramme omkring alteret og har samtidig tjent som skillerum til gravkapellet i østenden.
(Der findes eksempler på tilsvarende indretning af gravkapel i østenden af koret, således Herluf Trolle’s og Birgitte Gøje’s i Herlufsholm Kirke og Elisabeth Rosenkranz’ i Feldballe kirke).
Er denne rekonstruktion rigtig, har man ikke nede fra kirken haft fornemmelsen af et alt for bredt kor. Man har kikket op på et alter uden alterskranke, det har stået ret langt fremme og har været flankeret af paneler med sæder, hvor herskabet har siddet.
Først omkring år 1700 blev alterskranker inventar i de danske kirker. Alterskranken i Nr. Søby kirke må være fra slutningen af 1700-tallet og den er blevet stillet op, da man fjernede de sidste kister fra koret og flyttede alteret hen til øst-væggen. Skranken har været malet adskillige gange, sidst i 1980. Knæfaldets læderbetræk synes at være det originale og er påslået med håndgjorte stjernesøm.
Krypten (kælderen) er hvælvet. Kisterne i dette rum er gået til, men en del kistebeslag er bevaret og er nu ophængt forskellige steder i kirken.
Korloft og -gulv. Jacob Madsen er tydeligvis begejstret for det røde loft med forgyldte stjerner. Dette loft er forlængst gået til og ved restaureringen 1978-80 fandt man kun en liste, der røbede den røde farve. Det nuværende loft er fra 1979.
Korgulvet er rimeligvis lagt samtidigt med korets »ommøblering« i slutningen af 1700-tallet. Indtil 1979 strakte det sig helt frem til herskabsstolene. Det er nu høvlet af og kortet af til kordøren (buen mellem koret og skibet).
Ligsten, kistebeslag, gravskrifter og malerier
Ligstenene. Op ad væggen i koret står der tre ligsten. De er slidt af mange fødder og må oprindeligt have ligget i gulvet. Hvornår de er taget op, vides ikke:
Mod syd står stenen over Jørgen Urne, kaldet Store Jørgen Urne. Han er den første kendte ejer af Søbysøgård og var en af Fyns største godsbesiddere. Han døde i 1480. Følgende er citeret frit efter Chr. Axel Jensen: »Figuren er hugget i fladt planrelief med nedskæringer omkring hovedet, som tillader en rundere modellering af ansigtet. Øjnene synes at være lukkede og bag det rundpandede, langlokkede hoved er der inskudt en pude. Højre hånd ligger eller hænger over sværdet, venstre hånd griber om remmen til det hjelmløse skjold. Fødderne hænger slapt ned i forlængelse af de skrævende ben og mellem dem vokser en lille blomst.
Pladerustningen med dens hvepsetalje synes ikke at have noget indhold, de tætsiddende skulderblade fremhæver den kraftesløse smalskuldrethed og hoftepartiet er urimeligt kort. Figuren virker påfaldende ulogisk, som om den hverken er stående eller liggende«. Der er tale om et portræt, den ukendte kunstner synes dog ikke at have videre øvelse som billedhugger, men nok som stenhugger.
Den første sten i nordsiden er sat over Jørgen Urne’s søn, Knud Urne og dennes hustru, Inger Walkendorf (forsiden). Stilmæssigt er denne sten væsentligt mere avanceret end stenen over Jørgen Urne. Der er anatomiske svagheder i gengivelsen af de to skikkelser, men de er smukt profilerede. Ridderskikkelsen er stiv og ubevægelig, til gengæld »træder fru Inger Walkendorf’s skikkelse tydeligt frem gennem kjolen, hun fører sig frit og næsten livligt og viser elegant den ene fods skospids frem. Figurerne er flankeret af omhyggeligt udhuggede pilastre (søjlelignende ornament på mur) med fladt bueslag henover«. Dette bærer Knud Urne’s dødsår: 1543. Siden er tilføjet fruens dødsår 1555. Stenen er rimeligvis blevet til over en længere årrække, den er et smukt udtryk for datidens renaissancearkitektur og det er »som dekorativ komposition, at Søby stenen har sine særlige fortrin«.
Den anden sten i nordsiden er noget mindre og er sat over drengen Knud Urne, der døde i 1552. Stenen er domineret af den latinske inskription over drengen, ovenover ses forældrenes våbenskjold (Axel Urne’s og Anna Rosensparre’s) og nedenunder et barn, der bærer et kranium.
Andre begravelser. Der er intet bevaret af Axel Urne’s begravelse, heller ikke den gravskrift over hans anden hustru, Birgitte Rud, som Jacob Madsen citerer den fulde ordlyd af I sin visitatsbog.
Men på plader ophængt i koret og i tårnrummet er der bevaret senere gravskrifter og beslag på trækister.
På korets sydvæg hænger der en gravskrift over Christopher Urne, 1660-89. På nordvæggen er der en plade med tre gravskrifter: øverst over Wulf Sivert Rosenkrantz, 1731-55, I midten over Ifver Urne, 1662-88 og nederst over en frøken Rosenkrantz, 1735-97. Desuden en lille gravskrift over Axel Urnes søn, Erick Urne, død i Odense 1631.
Andet inventar i koret. De to store malerier er af langt senere dato end altertavlen. De er fra 1800-tallet og skal være malet af S. P. L. Schack. Maleriet I det sydøstlige hjørne forestiller apostlen Peter med Himmerigets nøgle. Det er mere tvivlsomt, hvem maleriet i det nordøstlige hjørne forestiller: det er enten apostlen Johannes eller apostlen Paulus.
Præstetavlen hænger i sydsiden og er skåret af Victor Harder, sognepræst ved kirken 1915-43.
I kordøren står der to store 7-armede stager på fod. De er indkøbt til kirken i 1916 for midler indsamlet i menigheden.
